Berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 35 Tahun 2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Dinas Kesehatan Provinsi Papua, susunan organisasi terdiri dari Kepala Dinas, Sekretariat, Bidang dan Unit Pelaksana Teknis (UPT) serta Kelompok Jabatan Fungsional,
Dinas Kesehatan Provinsi Papua merupakan pelaksana pemerintahan urusan kesehatan yang menjadi kewenangan daerah yang mempunyai tugas pokok membantu gubernur melaksanakan Urusan Pemerintahan di bidang kesehatan masyarakat berdasarkan asas otonomi dan tugas pembantuan serta tugas-tugas lainnya yang diberikan oleh Gubernur,
Untuk menyelenggarakan tugas pokok tersebut Dinas Kesehatan mempunyai fungsi :
- Perumusan kebijakan teknis di bidang kesehatan;
- Penyelenggaraan urusan pemerintahan dan pelayanan umum dibidang kesehatan;
- Pembinaan dan pelaksanaan tugas dibidang kesehatan;
- Pelaksanaan ketatausahaan Dinas; dan
- Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Gubernur sesuai dengan tugas dan fungsinya.
Tugas pokok dijabarkan dalam uraian tugas sebagai berikut :
- Penyusunan rencana strategis, rencana kerja anggaran Dinas Kesehatan;
- Pelaksanaan rencana strategis, rencana kerja anggaran Dinas Kesehatan;
- Penyusunan kebijakan, pedoman dan standar teknis urusan kesehatan;
- Penyusunan pelaksanaan kebijakan sistem kesehatan daerah;
- Perencanaan, pembangunan, pengembangan dan pembinaan kesehatan masyarakat, kesehatan lingkungan serta pelayanan keseahatan
- Pengawasan, pemantauan pengendalian dan evaluasi sistem upaya dan kegiatan pengembangan kesehatan masyarakat kesehatan lingukngan serta pelayanan keseahatn
- Pengawasan, pengendalian, pemantauan dan evaluasi pelayanan kesehatan pada seluruh sarana keseahatan di wilayah provinsi,
- Perencanaan, pengaturan, penyelenggaraan, pembinaan dan pengawasan pelayanan kesehatan khusus
- Perencanaan, pengaturan, penyelenggaraan, pembinaan dan pengawasan upaya kesehatan ibu, bayi, anak, remaja,lanjut usia dan penyandang dissabilitas
- Pencegahan, pengendalian dan penanganan penyakit menular dan penyakit tidak menular
- Pengawasan, pemantauan, pengendalian, pembinaan dan evaluasi pelayanan rumah sakit,
- Pengawasan, pengendalian dan pembinaan kesehatan kerja
- Pengumpulan, pengolahan, penyajian dan pengembangan informasi kesehatan,
- Pembangunan, pengembangan dan pembinaan peran serta masyarakat dalam pengelolaan kesehatan,
- Perencanaan dan pengelolaan pembiayaan penyelenggaraan pelayanan kesehatan,
- Penanganan kesehatan fakir miskin sesuai dengan lingkup tugasnya,
- Pemungutan, penata usahaan, penyetoran, pelaporan dan peretanggungjawaban penerimaan retribusi bidang pelayanan kesehatan
- Penyediaan, penatausahaan, penggunaan, pemeliharaan dan perawatan prasarana dan sarana dibidang kesehatan,
- Pengawasan dan pengendalian izin di bidang kesehatan,
- Pemberian dukungan teknis kepada masyarakat perangkat daerah dibidang kesehatan,
- Penegakan peraturan perundang-undangan dibidang kesehatan,
- Pengelolaan kepegawaian, keuangan dan barang dinas,
- Pengelolaan ketatausahaan dan kerumahtanggaan dinas,
- Pelaporan dan pertanggungjawaban pelaksanaan tugas dan fungsi dinas kesehatan.