Sekretariat mempunyai tugas pokok melaksanakan urusan administrasi umum kepegawaian, keuangan, perlengkapan, perencanaan dan pengendalian Internal. Sekretariat membawahi 3 (tiga) Sub Bagian yang terdiri dari:
- Sub Bagian Program mempunyai tugas pokok melaksanakan perencanaan dan pengendalian Internal Dinas Kesehatan
- Sub Bagian Umum dan Kepegawaian mempunyai tugas pokok melaksanakan urusan rumah tangga surat menyurat dan urusan umum lainnya, serta melaksanakan urusan administrasi kepegawaian Dinas Kesehatan
- Sub Bagian Keuangan mempunyai tugas pokok melaksanakan administrasi keuangan dan urusan anggaran serta melakukan Pembinaan Perlengkapan dan Asset Dinas Kesehatan